Fue Aragüés hasta 1495. Aragüés del Puerto desde 1543, con alternativas. En 1785 era considerada villa y tierra de realengo.
Merinado de Jaca (1387). Sobrecullida de Jaca (1488-1495). Vereda de Jaca (1646). Corregimiento de Jaca (1711-1833). Ayuntamiento en 1834 del partido judicial de Jaca.
La primera mención historiográfica es en 1068, recogida en el Cartulario de San Juan de la Peña. En 1295 eran pueblos del valle de Aragüés, Boza, Jasa, Larraz y Suesa.
En 1085 era de realengo y su teniente era conocido como Pepino, tal y como reflejan los pergaminos de Ramón Berenguer III. El 31 de diciembre de 1203 Pedro II de Aragón otorgó a Pedro Aznárez los derechos sobre Aragüés, Larraz y otras villas. En 1257 Jaime I concedió a los habitantes de “Arauost” franquicias por espacio de dos años. En 1276, Pedro III dio en feudo la villa de Aragüés a Pedro Cornel, y en 1257 Jaime II recupera el valle para el reino.
El 20 de diciembre de 1397 Martín I de Aragón incorporó Aragüés del Puerto a la Corona y a la ciudad de Jaca. La incorporación fue confirmada por la reina doña María el 13 de agosto de 1446.
En un grave incendio acaecido en 1601 se quemó el archivo parroquial, por lo que no consta el año de su fundación, aunque se cree que es muy antigua. Fue reedificada en el año 1704.
“Los confines del término son comunes con los del lugar de Jasa(…) Ambos pueblos tienen comunes los términos, montes y pastos.” (Madoz)
En el XIX escribe Madoz: “La industria consiste en 4 o 6 telares de lienzos y sayales ordinarios para el vestido de las familias; los vecinos que por la escasez de las cosechas no tienen medios para subsistir todo el año, emigran con sus hijos al inmediato reino de Francia para ganar un jornal”.


Textos extraídos de los libros "Huesca" de Madoz (Ed. Prames) e "Historia de Aragón" de Antonio Ubieto Arteta (Ed. Ibercaja)